• 2002.-2006. znanstveni projekt “Uloga bakterija mliječne kiseline u sinbiotičkom učinku” (MZT RH, 0058009)
• 2006.-2013. znanstveni projekt “Probiotici, prebiotici i funkcionalne starter culture” (MZOŠ RH 0002007)
• 2006.-2009. međunarodni EUREKA projekt “Development of Probiotic Yoghurt Technology with Improved Yoghurt Characteristics” (E!3488-UROAGRI+DEPROYOG)
• 2010.-2012.  međunarodni FP7 projekt „Conservation and standardisation of traditional technologies of fermented milk products based on autochthonous lactic acid bacteria” (FP7 SEE-ERA.NET Plus Joint Call, ERA 195/01)
• 2014.-2015. bilateralni projekt Hrvatska/Slovenija „Lactic acid bacteria as live biotherapeutic products“ (MZOŠ RH)
• 2005.-2007. tehnologijski projekt “Proizvodnja i primjena probiotičkih starter kultura” (MZOŠ RH TP-5822)
• 2009.-2011. tehnologijski projekt  “Proizvodnja probiotičkog suhog kiselog predtijesta za pekarstvo” (BICRO, Program istraživanja i razvoja – IRCRO)
• 2017.- 2022. projekt Europskog fonda za regionalni razvoj „BioProspecting Jadranskog mora“,voditelji faze 7 projekta “Razvoj bioprocesa: Održiva proizvodnja i povećanje mjerila”: prof. dr. sc. Božidar Šantek, Prof. dr. sc. Jagoda Šušković; Voditelj cijelog projekta i znanstvenog centra izvrsnosti„Bioprospekting mora“ (BioProCro): dr. sc. Rozelindra Čož-Rakovac, znan. savj. IRB
• Potpore Sveučilišta u Zagrebu: “S-proteini i bakteriocini probitičkih bakterija – temelj primjene probiotika kao živih lijekova” (2014.);  “Funkcionalnost S-proteina probiotičkih bakterija” (2015.); “Utjecaj sastava mikrobiote majčinog mlijeka na crijevnu mikrobiotu dojenčadi” (2017.); “Probiotička aktivnost sojeva bakterija mliječne kiseline izoliranih iz majčinog mlijeka” (2018.); “Egzopolisaharidi i funkcionalni proteini probiotičkih sojeva bakterija mliječne kiseline” (2019.)
• Stručni projekti suradnje s tvrtkama: Podravka (Koprivnica; 2013. – 2017. “Razvoj prerađene hrane za dojenčad s probioticima”), Belupo (Koprivnica), Jadran Galenski laboratorij (Rijeka), Neva, Atlantic grupa (Zagreb), Kraš (Zagreb), Dukat (Zagreb), Lura (Zagreb), Prehrana (Varaždin), Belje (Darda).

• Mikrobna biotehnologija
• Biotehnološka proizvodnja probiotika
• Tehnologija antibiotika
• Tehnologija enzima
• Biotehnološka proizvodnja starter kultura

• Society for Applied Microbiology, UK
• Hrvatsko društvo za biotehnologiju
• Hrvatsko mikrobiološko društvo
• Hrvatsko društvo prehrambenih tehnologa, biotehnologa i nutricionista
• Društvo sveučilišnih nastavnika i ostalih znanstvenika u Zagrebu

• 2010. Državna nagrada za znanost za primjenu rezultata znanstvenoistraživačkog rada – razvoj probiotičkog koncepta (probiotici kao dodaci hrani i probiotici kao bioterapeutici) i primjena starter kultura u Hrvatskoj
• 2006. Godišnja nagrada «Rikard Podhorsky» Akademije tehničkih znanosti Hrvatske
• 2015.  Plaketa Hrvatskog mikrobiološkog društva za dugogodišnji uspješan rad u Društvu i njegovim tijelima te priznanje cjelokupnom nastavnom, stručnom i znanstvenom radu u razvoju primijenjene mikrobiologije
• 2007. Prva Nagrada Saveza inovatora Poljske na međunarodnoj izložbi inovacija, novih ideja, proizvoda i tehnologija (ARCA) i 2018. Srebrna medalja za proizvodnju i primjenu probiotičkih starter kultura na međunarodnoj izložbi ARCA
• 2006. Priznanje za dugogodišnju uspješnu suradnju i izvanredan doprinos na promicanju visokog obrazovanja, znanosti i struke Prehrambeno-biotehnološkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu

Jagoda Šušković – bib.irb.hr

Jagoda Šušković –  researchgate.net

Jagoda Šušković – scholar.google.hr

Jagoda Šušković – pbf.unizg.hr